聚六亚甲基胍和双胍都是治疗糖尿病的药物，但它们的化学结构和作用机制有所不同。

聚六亚甲基胍，也称为甲糖胍，是一种大分子有机化合物，它通过抑制肝脏糖原的分解和减少肝脏糖原的合成来降低血糖水平。此外，它还能增加肌肉对葡萄糖的吸收和利用，改善胰岛素的敏感性。

双胍，也称为二甲双胍，是一种小分子有机化合物，它的作用机制与聚六亚甲基胍类似，也是通过抑制肝脏糖原的分解和减少肝脏糖原的合成来降低血糖水平。此外，它还能增加肌肉对葡萄糖的吸收和利用，改善胰岛素的敏感性。

虽然聚六亚甲基胍和双胍的作用机制相似，但它们的化学结构有所不同。聚六亚甲基胍是一种大分子化合物，分子量较大，分子中含有多个氨基和羟基，而双胍是一种小分子化合物，分子量较小，分子中只含有两个甲基。由于聚六亚甲基胍是大分子化合物，因此它的吸收速度较慢，效果持续时间较长，而双胍则相反，吸收速度较快，效果持续时间较短。

此外，聚六亚甲基胍和双胍在用药过程中的副作用也有所不同。聚六亚甲基胍可能会导致胃肠道不适、乳酸酸中毒等副作用，而双胍则可能会导致胃肠道不适、低血糖等副作用。

综上所述，虽然聚六亚甲基胍和双胍都是治疗糖尿病的药物，但它们的化学结构和作用机制有所不同，用药过程中的副作用也有所不同。因此，在选择使用哪种药物时，需根据患者的具体情况进行判断和选择。