甲基硫代磺酸甲酯是一种常用的蛋白质修饰试剂，可以通过破坏蛋白质的巯基结构来影响蛋白质的功能和稳定性。

巯基是蛋白质中常见的氨基酸残基，具有很强的亲电性和还原性。巯基的存在对蛋白质的结构和功能具有重要的影响，例如可以形成二硫键，稳定蛋白质的构象。而甲基硫代磺酸甲酯则可以与巯基发生亲核取代反应，将巯基转化为甲硫基，从而破坏巯基的结构和功能。

甲基硫代磺酸甲酯的应用范围广泛，常用于蛋白质纯化、酶催化机理研究、蛋白质组学等领域。但同时也需要注意其对蛋白质的影响，尤其是对于含有巯基的蛋白质，需要谨慎使用。

总之，甲基硫代磺酸甲酯的应用能够破坏蛋白质的巯基结构，影响蛋白质的结构和功能。在使用时需要根据具体情况进行合理的选择和使用。