对氯甲基苯甲酸和对氟苯甲酸是两种常见的有机化学物质，它们的分子结构非常相似，但是它们在化学性质和生物活性方面存在一些不同。

首先，对氯甲基苯甲酸和对氟苯甲酸的分子结构中，它们的芳香环上的氯原子和氟原子的化学性质不同。氯原子的电子亲和力较低，导致它的化学反应较为缓慢，而氟原子的电子亲和力较高，所以它的化学反应较为活泼。

其次，在生物活性方面，对氯甲基苯甲酸和对氟苯甲酸的作用也有所不同。对氯甲基苯甲酸具有镇痛、消炎、抗菌等作用，常用于治疗疼痛和炎症等疾病。而对氟苯甲酸则常用于制作药物、杀虫剂等化合物，并具有抗癌、抗病毒等作用。

此外，对氯甲基苯甲酸和对氟苯甲酸的物理性质也有所不同。对氯甲基苯甲酸的熔点为147℃，沸点为305℃，而对氟苯甲酸的熔点为60℃，沸点为191℃，这说明对氟苯甲酸的分子结构更加松散，更容易发生化学反应。

综上所述，虽然对氯甲基苯甲酸和对氟苯甲酸的分子结构非常相似，但是它们在化学性质、生物活性和物理性质等方面存在一些不同。因此，在使用和研究这两种化合物时，需要注意它们的特点和适用范围。