全氟甲基全氟环己烷和全氟环己烷是两种不同的化合物，它们之间存在一定的区别。

首先，全氟甲基全氟环己烷的分子式为C7F16，全氟环己烷的分子式为C6F12。从分子式来看，全氟甲基全氟环己烷比全氟环己烷多了一个甲基基团，因此分子量更大。

其次，它们的物理性质也有所不同。全氟甲基全氟环己烷的沸点为59℃，熔点为-135℃，密度为1.89g/cm³；全氟环己烷的沸点为49℃，熔点为-40℃，密度为1.67g/cm³。从物理性质上来看，全氟甲基全氟环己烷的沸点、熔点和密度都比全氟环己烷高。

最后，它们的应用领域也有所不同。全氟甲基全氟环己烷通常用作工业材料的涂层剂、清洗剂和消防剂等，而全氟环己烷则常用于制造介电材料和高温润滑油等。

综上所述，全氟甲基全氟环己烷和全氟环己烷虽然都属于全氟化合物，但它们在分子式、物理性质和应用领域等方面存在明显的区别。