十二烷基磺酸钠和十二烷基苯磺酸钠是两种常见的表面活性剂，它们在化学结构上有着一定的差异。

首先，十二烷基磺酸钠的分子结构中含有十二烷基链和磺酸基团，而十二烷基苯磺酸钠分子中则含有十二烷基链和苯磺酸基团。这种差异的存在导致两者在一些性质上有所不同。

其次，十二烷基磺酸钠的烷基链较长，分子量较大，因此在稳定性和泡沫性能方面表现更好，适用于制备洗涤剂、饮料等产品。而十二烷基苯磺酸钠的苯环结构则让它的分子量较小，表面活性能力有所降低，但其在乳化、分散、稳定胶体等方面表现较好，适用于制备染料、涂料等产品。

再次，两者在用途上有所不同。十二烷基磺酸钠主要用于制备洗涤剂、油田泡沫剂、工业清洗剂等，而十二烷基苯磺酸钠则主要用于制备染料、涂料、胶水等。

综上所述，十二烷基磺酸钠和十二烷基苯磺酸钠在化学结构、性质和用途上都有所不同，需要根据具体情况选择合适的表面活性剂。